Taman Kanak-Kanak Masjid Kampus UGM didirikan pada tanggal 1 Februari 2002 di bawah naungan Yayasan Masjid Kampus UGM, tokoh yang paling berjasa dalam mewujudkan lahirnya Taman Kanak-kanak Masjid Kampus UGM adalah Prof. Ichlasul Amal yang saat itu beliau adalah mantan rektor UGM yang baru purna tugas yang diberi amanah sebagai Ketua Takmir Masjid UGM dan Ir. Syaukat Ali dosen teknik Sipil UGM yang menjabat sebagai bendahara Masjid Kampus UGM Merasa prihatin melihat banyak mahasiswa S2 dan S3 UGM yang mempunyai anak usia balita sering dibawa ke kampus yang ditemani oleh pengasuhnya tanpa ada aktivitas yang berarti bagi anak-anak tersebut, melihat itu setiap hari, akhirnya Prof. Ichlasul Amal membuat kesepakatan untuk mendirikan Kelompok Bermain dan Taman Kanak-kanak di lingkungan Masjid Kampus UGM agar kegiatan bermain anak lebih terprogram.
Selanjutnya tempat bermain di lingkungan Masjid UGM ditetapkan namanya dengan nama Taman Kanak-Kanak Masjid Kampus UGM, dan dimulailah mengadakan persiapan dalam bentuk penyediaan tenaga pengajar , mengadakan pelatihan, menyusun kurikulum dll. Kegiatan belajar mengajar diselenggarakan pada bulan Mei 2002 menempati lantai dua masjid dan pada bulan Juli 2005 menempati gedung sendiri di jalan Notonagoro No. 1 Bulaksumur Caturtunggal Depok Sleman sampai sekarang dan pada tahun 2006 terbentuk program layanan Kelompok Bermain dari umur 2 tahun.
Pada Tahun 2019 KB TK Masjid Kampus UGM berpindah naungan Yayasan Universitas Gadjah Mada dengan Ketua Yayasan yaitu Prof. Dr. Paripurna, S.H, M. Hum., LL.M.